Intestinale Mikrobiologie

Prof. Dr. Mathilde Poyet

Forschung zur Diversität und Funktion des humanen Darmmikrobioms und dessen Rolle bei Gesundheit, Krankheit und chronischen Erkrankungen.

Prof. Dr. Mathilde Poyet

Beschreibung der Forschungsarbeit

Die Arbeitsgruppe Intestinale Mikrobiologie untersucht das humane Darmmikrobiom im Kontext von Gesundheit, Krankheit und menschlicher Evolution. Ziel ist es, mithilfe moderner genomischer und funktioneller Methoden die strukturelle und funktionelle Vielfalt des Darmmikrobioms sowie dessen Rolle bei chronischen Erkrankungen systematisch zu erforschen und therapeutisch nutzbar zu machen.

Ein besonderer Schwerpunkt liegt auf der repräsentativen Erfassung der globalen mikrobiellen Vielfalt des menschlichen Darms, um bestehende Verzerrungen in der Mikrobiomforschung zu überwinden. In enger Zusammenarbeit mit internationalen Partnern, insbesondere aus Ländern mit niedrigem und mittlerem Einkommen, nutzt die Arbeitsgruppe Biobanken der internationalen Initiative Global Microbiome Conservancy sowie klinische Biobanken der Universität Kiel. Mithilfe von in-vitro-, ex-vivo- und bioinformatischen Analysen werden mikrobielle Funktionen identifiziert, die mit Lebensstilfaktoren sowie Gesundheits- und Krankheitszuständen assoziiert sind.

Schwerpunkt

Genomische und funktionelle Charakterisierung des Darmmikrobioms
Wir untersuchen die genetische und funktionelle Vielfalt von Darmmikroorganismen, um ihre Rolle für Gesundheit und Krankheit besser zu verstehen.

Globale Diversität des menschlichen Darmmikrobioms
Durch internationale Kooperationen und die Nutzung von Biobanken untersuchen wir die mikrobielle Vielfalt des menschlichen Darms in unterschiedlichen Bevölkerungen weltweit.

Mikrobielle Funktionen und therapeutisches Potenzial des Mikrobioms
Wir identifizieren mikrobielle Funktionen, die mit Lebensstil, Gesundheitszuständen und chronischen Erkrankungen assoziiert sind und ein therapeutisches Potenzial besitzen.

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Gruppenleitung

Team

Publikationen

  • Gut Microbes

    ·

    Genome-scale metabolic models predict diet- and lifestyle-driven shifts of ecological interactions in the gut microbiome

    Marinos G, Moors KA, Schlicht K, Rühlemann M, Waschina S, Lieb W, Franke A, Laudes M, Groussin M, Poyet M, Kaleta C, Kadibalban AS

    DOI:

    https://doi.org/10.1080/19490976.2026.2694811

  • Journal of Chron’s and Colitis

    ·

    Mapping adaptive immune responses toward fungal antigens in inflammatory bowel disease using T cell repertoire sequencing and phage-immunoprecipitation sequencing

    Mahdy A, ElAbd H, Prinzensteiner M, Jebens H, Sivickis K, Bacher P, Vogl T, Poyet M, Franke A

    DOI:

    https://doi.org/10.1093/ecco-jcc/jjag015

  • Sustainable Microbiology

    ·

    Policy Briefing: from access to use—untangling the international legal frameworks that govern microbial resources

    Faggionato D, Muñoz-García M, Kostic T, Ferrari ML, Vonaesch P, Poyet M, Portier P, Ryan MJ, Djeddour D, Stumptner C, Varese GC, Zuzuarregui A, Groussin M, Schloter M, Finn RD, Haas AS, Probert I, Verkley G, Overmann J, Scholz AH

    DOI:

    https://doi.org/10.1093/sumbio/qvag005

  • Sustainable Microbiology

    ·

    Policy in Practice: How to do the Nagoya Protocol: common misconceptions, challenges and best practices for access and benefit-sharing compliance

    Faggionato D , Muñoz-García M, Kostic T, Ferrari ML, Vonaesch P, Poyet M, Portier P, Ryan MJ, Djeddour D, Stumptner C , Varese GC, Zuzuarregui A, Groussin M, Schloter M, Finn RD, Haas AS, Probert I, Verkley G, Overmann J, Scholz AH

    DOI:

    https://doi.org/10.1093/sumbio/qvag007

  • Nature Communications

    ·

    Phosphorothioate DNA modification by BREX type 4 systems in the human gut microbiome

    Yuan Y, DeMott MS, Byrne SR, Flores K, Poyet M, Groussin M, Berdy B, Bahunde JR, Girard C, Lehtimäki J, Mabulla AZP, Mwikarago IE, Nartey YA, Nguyen LTT, Onyekwere CA, Roberts LR, Shapiro BJ, Vatanen T, Comstock LE, Alm E, Dedon P

    DOI:

    https://doi.org/10.1038/s41467-026-68412-5

  • preprint

    ·

    Convergent genomic responses of human gut bacteria to variations in industrialization

    Rühlemann M, Szánthó LL, Waschina S, Moitinho-Silva L, Mews LK, Camarena JF, Jebens H, Costa J, Juimo V, Fezeu A, Agyei A, Afihene MY, Asibey SO, Awuku YA, Duah A, Nartey YA, Ibrahim F, Lim YAL, Pin TM, Onyekwere C, Rusine J, Mwikarago IE, Baines J, Franke A, Szöllősi GJ, Xavier R, Alm EJ, Groussin M, Poyet M

    DOI:

    https://doi.org/10.1101/2025.10.20.683395

  • preprint

    ·

    Industrialization drives convergent microbial and physiological shifts in the human metaorganism

    Poyet M, Rühlemann M, Schaan AP, Ma Y, Moitinho-Silva L, Wacker EM, Jebens H, Patel L, Nguyen LTT, Zimmer A, Plichta D, McDonald D, Stevens C, Agyei A, Afihene MY, Asibey SO, Awuku YA, Badiane AS, Ching LS, Corzett C, Deme A, Dominguez-Rodrigo M, Duah A, Fezeu A, Froment A, Gibbons S, Girard C, Hooker J, Ibrahim F, Iqaluk D, Juimo V, Kettunen P, Lafosse S, Lango-Yaya E, Lehtimäki J, Lim YAL, Mabulla A, Mahachai V, Mohamed RS, Moniz K, Mwikarago IE, Nartey YA, Ndiaye D, Noel M, Onyekwere C, Pin TM, Plymoth A, Roberts L, Ruokolainen L, Rusine J, Segurel L, Shapiro BJ, Sigwazi S, Sistiaga A, Valles K, Vatanen T, Vilaichone R, Rosenstiel P, Baines J, Franke A, Ellinghaus D, Knight R, Daly M, Xavier RJ, Alm EJ, Groussin M

    DOI:

    https://doi.org/10.1101/2025.10.20.683358

  • Scientific Reports

    ·

    Gut microbiota profiles of peninsular Malaysian populations are associated with urbanization and lifestyle

    Jamaluddin NF, Brovkina O, Rashid NN, Al-Maleki AR, Lim YAL, Tan MP, Lee SC, Duvallet C, Corzett CH, Alm E, Groussin M, Poyet M, Ibrahim F

    DOI:

    https://doi.org/10.1038/s41598-025-07117-z

  • mSystems

    ·

    Temporal dynamics of gut microbiomes in non-industrialized urban Amazonia

    Schaan A, Vidal A, Zhang A, Poyet M, Alm E, Groussin M, Ribeiro-dos-Santos Â

    DOI:

    https://doi.org/10.1128/msystems.00707-23

  • Nature Communications

    ·

    Functional host-specific adaptation of the intestinal microbiome in hominids

    Rühlemann MC, Groussin M, Bang C, Gogarten JF, Hermes BM, Waschina S, Poyet M, Ulrich M, Akoua-Koffi C, Deschner T, Muyembe-Tamfum JJ, Robbins MM, Surbeck M, Wittig RM, Zuberbühler K, Baines JF, Leendertz FH, Franke A

    DOI:

    https://doi.org/10.1038/s41467-023-44636-7